分子動力學

 

1、NAMD

    NAMD(NAnoscale Molecular Dynamics)是用于在大規模并行計算機上快速模擬大分子體系的并行分子動力學代碼。NAMD用經驗力場,如Amber,CHARMM和Dreiding,通過數值求解運動方程計算原子軌跡。

2、GROMACS

    GROMACS是用于研究生物分子體系的分子動力學程序包。它可以用分子動力學、隨機動力學或者路徑積分方法模擬溶液或晶體中的任意分子,進行分子能量的最小化,分析構象等。它的模擬程序包包含GROMACS力場(蛋白質、核苷酸、糖等),研究的范圍可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶體和生物分子溶液。GROMACS是一個功能強大的分子動力學的模擬軟件,其在模擬大量分子系統的牛頓運動方面具有極大的優勢。

3、DESMOND

    DESMOND是由D.E.Shaw Research公司開發的相對較新的分子動力學模擬軟件,主要應用于生物體系,如膜蛋白,小分子等?梢允褂貌煌牧,如CHARMM、AMBER、OPLS等,Desmond對膜蛋白的模擬非常的重視,其自帶工具可以很方便的構建膜蛋白模擬體系。

4、AutoDock

    AutoDock是The Scripps Research Institute的Olson科研小組使用C語言開發的分子對接軟件包,目前最新的版本為4.01。AutoDock其實是一個軟件包,其中主要包括AutoGrid和AutoDock兩個程序。其中AutoGrid主要負責格點中相關能量的計算,而AutoDock則負責構象搜索及評價。

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